El programa tiene como objetivo el desarrollo de aptitudes en la práctica clínica de la psicoterapia junguiana. La formación incluye el desarrollo de técnicas y conocimientos para trabajar con el material que emerge del inconsciente a través de síntomas, proyecciones, complejos psicológicos, sueños y aspectos del campo transferencial-contratransferencial.

El programa básico de formación está estructurado en dos años. Se divide formalmente en diez bloques de estudio, asistiendo a clases semanales y a seminarios de fin de semana de temas relacionados con los contenidos del bloque correspondiente impartidos cada tres meses. Los docentes incluyen analistas junguianos extranjeros, y psicoanalistas y analistas junguianos radicados en México.

En cada bloque los docentes analistas junguianos extranjeros, con amplia experiencia y reconocido prestigio, tanto para la práctica clínica como para la formación profesional, imparten un seminario teórico y clínico relacionado con el tema correspondiente.

El Centro Mexicano C. G. Jung cuenta con un sistema de videoconferencia a través del cual los analistas extranjeros imparten supervisión clínica en grupo, clases y seminarios.

Aquellos candidatos que -después de un periodo de dos años- deseen continuar con su formación, podrán asistir a seminarios, clases, y seminarios de estudios de casos clínicos y supervisión con analistas junguianos.